O Clã Uchiha descende do filho mais velho do Sábio dos Seis Caminhos, Indra... Indra herdou os "olhos" Eremita, seu chakra poderoso e suas habilidades espirituais... Quando chegou a hora do Sábio escolher um sucessor ele questionou ao seus filhos qual ação poderia trazer ordem ao mundo... Indra achava que poder era o caminho para a paz, enquanto Asura (o mais novo) achava que o amor era o caminho... O Sábio favoreceu o mais novo é o escolheu como sucessor... Assim Indra veio a ser preenchido por ódio e ciúmes... Este ódio no futuro veio a ser conhecido como Maldição do Ódio...
Antes da criação das vilas o Clã Uchiha veio a ser um clã de mercenários de aluguel... Por causa do Sharingan o Clã Uchiha veio a ser conhecido como um dos dois clãs mais poderoso, sendo o outro o Clã Senju... Uchiha Madara ficou particularmente poderoso e quando atingiu o Mangekyou Sharingan assumiu a liderança do Clã Uchiha... Sob a liderança de Madara os Uchihas ficaram mais fortes que os demais clãs, assim sendo toda vez que um lado contratava os Uchihas ou outro lado contratava os Senjus...
Cansados de lutas sem fim o Clã Senju se aproximou dos Uchihas para formarem uma aliança... Madara não concordava, mas seu clã o forçou a aceitar o tratado de paz... Assim foi criada Konohagakure e o líder do Clã Senju, Senju Hashirama, foi escolhido como Hokage... Madara achou que tendo Hashirama como Hokage os Uchihas se sujeitariam aos Senjus, seu clã porém achou que era só Madara tentando reacender a guerra... Assim sendo Madara desertou... Após a traição de Madara o segundo Hokage, Senju Tobirama, deu aos Uchihas total controle da Polícia de Konoha para mostra sinal de confiança... Na verdade isso era só uma estratégia para manter os Uchihas sob controle e mantê-los longe dos assuntos de Konoha... Com o passar dos anos alguns Uchihas, como Setsuna, descobriram o verdadeiro motivo e tentaram se rebelar como Madara...
Anos mais tarde, após o ataque da Kurama, Konoha começou a suspeitar que o ataque foi causado pelo Clã Uchiha por causa de sua capacidade de controlar a Kurama com o Sharingan... Após isso o Clã Uchiha foi forçado a viver num canto dá aldeia, banido do resto dá comunidade e sob pesada vigilância... Isso deu origem a descriminação do clã e os Uchihas só viram como uma confirmação do Madara os havia alertado anteriormente, assim começaram a planejar uma revolta contra a vila... Uchiha Itachi e Uchiha Shisui discordaram do plano do clã e informaram aos superiores da vila sobre os planos de seu clã... Danzo decidiu resolver as coisas do seu modo e roubou o olho direito de Shisui, Shisui se reuniu com Itachi antes que Danzo roubasse seu olho esquerdo também ele entregou seu olho a Itachi e se suicidou... Sarutobi Hiruzen que não concordava com as medidas que foram aplicadas no Clã Uchiha tentou acordos pacíficos, mas o tempo passou e as medidas pareciam estar ficando cada vez mais inútil... Então novamente Danzo decidiu resolver as coisas por si só e induziu Itachi a cometer um genocídio...
